Se fundó en 1587. Aquí murió San Juan (le la Cruz y aquí se levanto al Santo de Fontiveros la primera iglesia, cuando aún era solamente Beato. Construida sobre su primer sepulcro, fue elevada después por los Pontífices a la categoría de Basílica Menor. Abandonado el convento antiguo por los frailes en 1835, fue comprado por algunas familias para construir viviendas, cuando el inmueble salió a pública subasta en 1843. Sólo se salvó la pequeña Basílica de San Juan de la Cruz, que alegó ser de su patronato.

Restaurada la Semiprovincia de Andalucía en 1905, fue el P. Fernando quien dio el impulso definitivo a la fundación. El 5 de octubre de 1905 consiguió por escrito y definitivamente el permiso del Obispo y el día 14 del mismo mes, el P. Eladio de la Virgen del Carmen tomaba posesión de la Basílica de San Juan de la Cruz.

Se acomodaron al principio en una de las casas, que estaba adosada a la Basílica. Desde marzo de 1914 a octubre de 1915 se derribaron todos los edilicios situados por encima de la muralla, en lo que hoy es convento y huerta alta, y se comenzó la construcción de dos cuerpos de edilicio que, haciendo escuadra con los muros de la antigua iglesia de San Miguel y la Basílica, cierran un patio central.

Como homenaje de la Provincia al nuevo Doctor de la Iglesia. San Juan de la Cruz, el Definitorio Provincial aprobó reconstruir la iglesia de San Miguel. Tras los derribos de las casas que ocupaban el solar de la antigua iglesia comenzaron las obras en 1927. Con gran solemnidad fue inaugurada la iglesia en septiembre 1928.

Durante la Guerra Civil el convenio fue asaltado y nuestros religiosos dispersados y perseguidos. Finalizada ésta, el 28 de abril de 1939 salían para Úbeda desde Córdoba en un camión del ejército el Provincial, P. Agustín de los Reyes y el Hno. Carmelo, que junto con los Padres Claudio y Jorge iniciaron la limpieza y puesta a punto del convento. En mayo ya se pudo comenzó de nuevo la vida regular.

Úbeda siempre ha sentido gran cariño por su Santo, y sus autoridades han prestado gran apoyo a toda iniciativa que sirviera para engrandecer su figura. Este convento, relicario de su Santo Padre, ha sido considerado como el corazón de la Provincia. Las reliquias fueron depositadas solemnemente en 1950. Faltaba restaurar la Basílica y hacerla digna de tan gran tesoro, cosa que no ocurrió hasta 1953 cuando se iniciaron las obras de embellecimiento y restauración, dirigidas por el artista malagueño D. Francisco Palma Burgos. El 25 de Agosto de 1957, fue inaugurada con grandes festejos la remozada Basílica con la asistencia del Sr. Obispo de Jaén y de gran numero de religiosos y pueblo.

Más tarde se llevaron a cabo las obras de remodelación de la Iglesia, adaptándola además a has nuevas leyes litúrgicas. Las pinturas del presbiterio son obra moderna de A. Maldonado. Finalmente se instauró un Museo y Biblioteca Sanjuanista con todos los objetos que tenían alguna relación con San Juan de la Cruz y que habían ido reuniendo con cariño los religiosos de la comunidad y aportado diversas comunidades de Frailes y Monjas de la Provincia. En la actualidad es muy valorado y visitado en sus doce salas sobre temática sanjuanista diversa por turistas y devotos del Santo.