En Baeza fundó San Juan de la Cruz en junio de 1579 el famoso Colegio de San Basilio. El mismo Santo lo organizó y dirigió como primer Rector durante varios años. Abandonado a causa de la exclaustración, fue destinado a diversos usos. No ha podido ser recuperado a pesar de los muchos intentos que se han hecho.

La Ciudad se dolía por no tener ningún convento de religiosos, cuando en siglos anteriores habían existido tantos. Las Carmelitas y otras personas deseaban fuesen nuestros Padres los que fundasen y así lo pidieron en varias ocasiones, aunque sin éxito.

El Ayuntamiento ofreció el antiguo hospital de la Purísima para la fundación. Teniendo necesidad de edificar un nuevo Colegio Teresiano, se aceptó el ofrecimiento en diciembre de 1953. No hubo dificultad alguna para conseguir los necesarios permisos del Obispado y de la Dirección General de Administración Local, que tenían que autorizar la cesión del edificio.

El 5 de mayo de 1954, la Sagrada Congregación de Religiosos extendía el rescripto fundacional, que fue ejecutado tres días más tarde por el Padre General. Desde el mes de abril estaba en Baeza, hospedándose en las Carmelitas Descalzas, el Padre Raimundo de San Juan (le la Cruz, ocupándose de todos los trámites necesarios. Otorgada por el Ayuntamiento, en agosto, la escritura de cesión permanente y gratuita del Hospital, inmediatamente tomaron posesión y se inició la vida regular.

La iglesia, aunque pequeña y de una sola nave, estaba en muy buen estado. Se la dotó espléndidamente de todo lo necesario para el culto y se construyó otra nave semejante, formando escuadra con la ya existente. El vértice de las dos lo forma el presbiterio.

El proyecto del Colegio se debe al arquitecto granadino D. Antonio del Valle Sáenz. En torno a un patio central, de buenas proporciones y con galería de columnas se levantan las cuatro alas, de que consta el edificio, con cuatro plantas y sótano.

Antes se habían iniciado los trámites para convertirlo en Colegio Menor; se volvió a aquella idea y se reanudaron las negociaciones con el Ministerio de Educación y Ciencia, que concedió un crédito préstamo. Se pudieron terminar las obras y el Colegio Menor con el título de «San Juan de la Cruz» pudo ser inaugurado el 15 de octubre de 1967. Siendo el edificio de gran capacidad, pudo trasladarse a él también el Colegio Teresiano de Córdoba, idea primitiva que moviera a los Superiores a aceptar el ofrecimiento del Ayuntamiento de la ciudad.

La fundación llegó a ser muy floreciente en su labor educativa o de formación y en el ministerio pastoral en el pueblo durante bastantes años. La supresión paulatina de los llamados “Colegios Menores” ante los nuevos Institutos creados, la repercusión del descenso de la natalidad en la disminución de escolares o en la escasez de vocaciones para nuestro Seminario, así como la del personal religioso en la Provincia, terminaron con la supresión del Colegio Menor y luego la del Colegio Teresiano. Finalmente, una vez vendido el edificio principal y quedando sólo una pequeña parte sobre la sacristía para la comunidad que atendía la casa y que terminó siendo muy exigua, el 20 de octubre de 1988 el Definitorio General, sin suprimir la fundación, accedía que fuera atendida desde la cercana comunidad de Úbeda. Así está funcionando en la actualidad con un Carmelo Seglar floreciente y muy nutrida participación del pueblo en la labor pastoral de la iglesia.